本宮之主祀神明為「玉二聖母,然因早期玉二聖母身份未明之時,均以媽祖祀之,故在此前提下,亦傳襲了一系列的媽祖信仰。媽祖是中國華南沿海地區信奉最盛的航海神,詥於台灣早期移民大多來自福建沿海,加上自福建至台灣的這劃水路,是波濤洶湧,變幻莫測的台灣海峽,從其被先民稱為「黑水溝 之名,即可想條這段水路之險惡。尤其在航運設備未臻完善的時代,從福建沿海搭乘帆船,航行到台灣大約要三四天的時間,又因為是側風而行,它的危險性亦相對增加,因此請求媽祖隨船保護的方式,就廣為先民採用,這也是媽祖信仰流傳至台灣最主要的原因。
媽祖性林,於北宋建隆元年{九六○年}三月二十三日出生於福建莆田湄州灣口的湄州島上。有關媽祖的傳說神蹟極多,琉球國志略卷七<天妃靈應記>曰:「彌月不啼,名曰默。 可見出生滿月,不聞啼聲,是名為「默娘的主因。由於其自小聰慧,又深受佛教影響,故/,三教源流搜神大全>即有「五歲能誦<觀音經>之記載。又因其從小生長在海邊,水性極佳,<泉州府志,天妃宮>云:「長能乘蓆渡海,常乘雲遊於島嶼。指默娘長大之後即能乘坐草蓆飛渡大海,乘雲雲遊於諸島之間,隨時救助在海中遇難的商旅漁民。此後媽祖神踫不斷,在<三教搜神大全、<天妃顯聖錄、天后志及一些地方志書中均有詳細記載,更因此不斷受到朝近晉封。計宋代帝王十三次,包括「夫人「妃的封號。元代帝王晉封五次,稱為天妃。明代冊封四次,為「聖妃、天妃、元君等名號。到了清代則有六次晉封,康熙時封為「天后,道光年間再度晉封為「天上聖母,這是今日「天上聖母」稱號之始。